Przed Mszą św. Franciszek wraz z hierarchą prawosławnym przez dłuższą chwilę modlili się przy grobie św. Piotra w Bazylice Watykańskiej.

Na początku Mszy św. kardynał-protodiakon Renato Martino przedstawił papieżowi nowych arcybiskupów-metropolitów, którzy proszą o wręczenie im paliuszy, pobranych z grobu św. Piotra. Są one znakiem władzy, jaką metropolita, pozostający w jedności z Kościołem Rzymskim, sprawuje w swoim Kościele lokalnym. Dodał, że paliusze nałożą im nuncjusze apostolscy w poszczególnych Kościołach metropolitalnych. Następnie przysięgę wierności Ojcu Świętemu i jego następcom złożył w imieniu zgromadzonych arcybiskup Newark w USA kard. Joseph William Tobin.

W swojej homilii Franciszek skoncentrował się na trzech słowach kluczowych dla życia apostoła: wyznanie, prześladowanie, modlitwa.

Zaznaczył, że Pan Jezus także do współczesnych chrześcijan, a zwłaszcza do duszpasterzy, kieruje pytanie: „Kim jestem dla ciebie?”. Jakby chciał powiedzieć: „Czy wciąż jestem Panem twojego życia, kierunkiem twego serca, motywem do nadziei, twoją niezachwianą ufnością?”. „Wraz z Piotrem także my podejmujemy na nowo dzisiaj swą decyzję życiową jako uczniowie i apostołowie” – stwierdził Ojciec Święty. Wskazał, że oznacza ona nie bierność, wygody i dystans, lecz gorliwe zaangażowanie, ponawiając każdego dnia dar z siebie. „Kto wyznaje Jezusa, czyni tak jak Piotr i Paweł: podąża za Nim aż do końca. Nie idzie za Nim tylko do jakiegoś punktu, ale aż do końca i idzie za Nim Jego drogą, a nie naszymi drogami. Jego droga jest drogą życia nowego, radości zmartwychwstania, drogą, która przechodzi także przez krzyż i prześladowania” – podkreślił Franciszek.

Zaznaczył następnie, że prześladowania dotykały Kościół zarówno w pierwszych wiekach, jak i dziś. Przypomniał słowa św. Augustyna, iż „siła chrześcijanina to nie tylko czynienie dobra, ale także znoszenie zła”. Oznacza to przyjęcie krzyża, idąc naprzód z ufnością, bo nie jesteśmy sami: jest z nami ukrzyżowany i zmartwychwstały Pan. „Znoszenie to umiejętność zwyciężania z Jezusem, na sposób Jezusa, a nie na sposób świata” – wskazał Ojciec Święty.

Podkreślił, że w Kościele to właśnie modlitwa podtrzymuje nas wszystkich i pozwala nam pokonywać próby. Jest ona siłą, która nas jednoczy i wspiera, jest lekarstwem na izolację i samowystarczalność, które prowadzą do śmierci duchowej. „Jakże pilnie potrzebne jest w Kościele posiadanie nauczycieli modlitwy, ale przede wszystkim bycie mężczyznami i kobietami modlitwy, żyjącymi modlitwą!” – stwierdził papież.

W modlitwie wiernych pierwszą intencję: za Ojca Świętego, nowych kardynałów i arcybiskupów-metropolitów wypowiedziano po francusku. Proszono, aby wstawiennictwo świętych Piotra i Pawła wyjednało im mocną wiarę, pewną nadzieję i miłość apostolską. Drugą intencję – za rządzących i ustawodawców – wzniesiono po chińsku, aby święci Piotr i Paweł czuwali nad nimi oraz wspierali odwagą prawdy i pokorą ludzi uznających siebie za maluczkich. Trzecią prośbę – za misjonarzy i głosicieli Ewangelii – wyrażono po portugalsku: „Niech święci Piotr i Paweł ożywiają ich gorliwość, wspierają w przeciwnościach i czynią skutecznym ich przepowiadanie Ewangelii”. Kolejna intencja – za osoby żyjące na obszarach wojen i konfliktów – zabrzmiała po szwedzku. Proszono, aby obaj święci apostołowie wyjednali im dar prawdziwego pokoju, prowadzili ludzi do braterstwa oraz poszukiwania dróg pojednania i solidarności. Ostatnią intencję – za uciśnionych i cierpiących – zaniesiono po włosku. Proszono, aby święci Piotr i Paweł usłyszeli ich wołanie, przedstawili je zmartwychwstałemu Panu i ukazali wszystkim cel życia wiecznego.

Podczas przekazywania znaku pokoju do papieża Franciszka podeszli członkowie delegacji Ekumenicznego Patriarchatu Konstantynopola.

Po zakończeniu Eucharystii papież wręczył osobiście paliusze 34 arcybiskupom metropolitom. Paliusz jest długim okrągłym pasem z białej wełny z wetkniętymi w niego sześcioma krzyżami i dwoma końcami opadającymi na plecy i piersi. Wełna do utkania tych przedmiotów pochodzi z dwóch baranków, które papieże przyjmują w liturgiczne wspomnienie św. Agnieszki – 21 stycznia w kaplicy Urbana VIII w Watykanie.

Eucharystię uświetniał śpiew chórów: Kaplicy Sykstyńskiej i luterański Tölzer z Monachium.